Im Mittelpunkt der Arbeiten des Friedrich-Loeffler-Instituts stehen die Gesundheit und das Wohlbefinden landwirtschaftlicher Nutztiere und der Schutz des Menschen vor Zoonosen, d. h. von Tieren auf den Menschen übertragbaren Infektionen. Diese Aufgaben sind im Tierseuchengesetz festgelegt. Das FLI arbeitet in verschiedenen Fachdisziplinen wie Physiologie, Ethologie, Epidemiologie, Immunologie, Virologie, Bakteriologie und Parasitologie unter Einbeziehung verwandter Wissenschaften sowohl grundlagen- als auch praxisorientiert.

Ziele unserer Arbeit sind der Schutz vor Krankheiten durch eine bessere und schnellere Diagnose, Maßnahmen zur Prävention sowie das Schaffen von Grundlagen für moderne Bekämpfungsstrategien bei Tierseuchen und Zoonosen, die Entwicklung tierschutzgerechter Haltungssysteme, der Erhalt der genetischen Vielfalt bei Nutztieren und die effiziente Verwendung von Futtermitteln für die Erzeugung qualitativ hochwertiger tierischer Lebensmittel.

Als Bundesforschungsinstitut und selbstständige Bundesoberbehörde des Bundesministeriums für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz erarbeitet das FLI im Rahmen der Politikberatung Gutachten und Stellungnahmen. Bei Tierseuchenausbrüchen führt das Institut epidemiologische Untersuchungen durch. Außerdem erstellt es Risikobewertungen zu verschiedenen Infektionskrankheiten bei Nutztieren. Am FLI werden neben einigen Impfstoffen gegen Tierseuchen wie z. B. Maul- und Klauenseuche und Schweinepest vor allem veterinärmedizinische Infektionsdiagnostika zugelassen. Auf dem Gebiet der Zoonosen kooperieren wir interdisziplinär mit humanmedizinischen Einrichtungen wie dem Robert Koch-Institut.

Derzeit arbeiten rund 1000 Beschäftigte in elf Instituten an sechs Standorten am Friedrich-Loeffler-Institut. Am Hauptstandort Insel Riems befinden sich die Institute für Molekularbiologie, für Immunologie, für Virusdiagnsostik, für Infektionsmedizin sowie für neue und neuartige Tierseuchenerreger.